哲郎是一个有平凡身躯的人类，他一直都希望拥有一副机械的身躯，在他母亲受到机械伯爵残杀之后，便令他下定决心想搭上 “铁河铁道快车”，前往可免费获得机械身躯的星球。哲郎在冥王星上遇见一个奇女子“黑影子”波萝梅修，她是个为了寻求生命永恒存在而将肉体换成机械的人，可是她后来又非常怀念以前的身体，所以重新回到被她舍弃的身体旁守候着，当个黑影子似的人。哲郎在千辛万苦的打听之下，终于知道机械的“时间堡垒”的秘密所在……